Die Voyager wird zusammen mit einem zweiten, feindlichen Raumschiff des Maquis von einem fremden Wesen in einen 70.000 Lichtjahre entfernt liegenden Bereich der Milchstraße, den Delta-Quadranten verschlagen. In der Notlage arbeiten die beiden ehemals gegnerischen Crews zusammen, um den jahrelangen Weg zurück zur Erde anzutreten. Dabei muss die Voyager weite Strecken unbekannten Raums durchqueren und zahlreiche Gefahren überwinden. Die Crew des Raumschiffs wird immer wieder mit der Frage konfrontiert, wie sie auf dem Weg durch oft feindseliges Gebiet die ethischen Grundsätze der Föderation befolgen kann, denen sie sich verpflichtet fühlt. Die Voyager verfügt nur über begrenzte Ressourcen, ist auf sich allein gestellt und von der üblichen Kommandokette und sonstigen Institutionen abgeschnitten. Captain Janeway muss sich immer wieder zwischen einer schnelleren Heimreise und der Beachtung moralischer Grundsätze entscheiden.