Lincoln Burrows ist angeklagt, den Mord an Terrence Steadman, dem Bruder der Vizepräsidentin der Vereinigten Staaten, begangen zu haben. Mit stichhaltigen Beweisen, wie einem Überwachungsvideo und seinen Fingerabdrücken auf der Tatwaffe, wird er wegen schweren Mordes zum Tode verurteilt, obwohl er immer wieder seine Unschuld beteuert. Die Zeit bis zu seiner Exekution soll er im Fox-River-State-Gefängnis absitzen. Michael ist von der Unschuld seines Bruders Lincoln überzeugt und beschließt, ihn aus dem Gefängnis zu befreien. Da Scofield als Statiker am Umbau der Strafvollzugsanstalt mitgewirkt hat, kann er sich Zugang zu den Bauplänen verschaffen. Aufgrund deren Komplexität lässt er sie auf seinen gesamten Oberkörper tätowieren, versteckt in einer Vielzahl von Motiven. Nachdem er fast alle Beweise für seinen Plan zerstört hat, überfällt er eine Bank, um in dasselbe Gefängnis wie sein Bruder zu kommen und seinen Plan umzusetzen...