Die Story von »To Love-Ru: Trouble« handelt von Rito Yuuki, einem Highschool-Jungen, der es nicht schafft, Haruna Sairenji seine Liebe zu gestehen. Eines Tages, als er nach Hause kommt und schmollend in der Badewanne sitzt, taucht ein nacktes Mädchen wie aus dem Nichts auf. Ihr Name ist Lala und sie kommt vom Planeten Deviluke, wo sie die Thronfolgerin ist. Ihr Vater möchte, dass sie wieder heimkehrt, damit sie einen seiner Hochzeitskandidaten heiraten kann. Doch sie entscheidet, dass sie lieber Rito zum Ehemann nehmen will, um auf der Erde zu bleiben.

Später wird Commander Zastin geschickt, um sie zurückzubringen. Auf der Erde angekommen, kämpft er gegen Rito und berichtet dem Kaiser, dass Rito ein geeigneter Ehemann für Lala ist. Ihr Vater beschließt, dass Rito sie nur heiraten darf, wenn er »der Mann Nr. 1 des Universums« wird. Falls er es nicht schafft, wird ihr Vater ihn töten und auch die Erde zerstören.
Quelle:

Wenn man nach der Storyreihenfolge geht (nicht der Releasereihenfolge):

1. To LOVE-Ru
2. To LOVE-Ru OVA
3. Motto To LOVE-Ru
4. To LOVE-Ru Darkness
4.1 To LOVE-Ru Darkness OVA
5. To LOVE-Ru Darkness 2nd
5.1 To LOVE-Ru Darkness OVA
5.1 To LOVE-Ru Darkness 2nd OVA
6. To LOVE-Ru Darkness 2nd Specials

x.1 sind Sidestories