Wir schreiben das Jahr 2015: Die Bevölkerung der Erde wurde drastisch minimiert. Viele Kontinente – Amerika, Europa, Asien, Afrika und Australien – wurden ausradiert; lediglich kleine Teile Japans existieren noch.

Eines Tages wird Tokio, als eine der Städte die noch existieren, von futuristischen Kampfjets angegriffen. Der Oberschüler Ayato Kamina ist damit plötzlich auf sich alleine gestellt – zumindest so lange, bis er der mysteriösen Mishima Reika in einen geheimen Tempel tief unter Tokio trifft. In demselben Tempel befindet sich auch ein merkwürdiges Ei, das übernatürliche Kräfte in Ayato weckt und ihm mit dem »Dolem« RahXephon verbindet.

Zusammen mit Haruka Shitou, einem Mitglied der Organisation Terra, die sich für das Überleben der Erde einsetzt, soll er nun gegen die bösen »Mulian« – humanoide, aus einer anderen Dimension stammende Lebewesen – kämpfen und die Erde davor retten, noch weiter zerstört zu werden.
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