»Pandora in the Crimson Shell: Ghost Urn« spielt in einer Welt, in der verheerende Naturkatastrophen rund um den Globus zur Tagesordnung gehören. Nationen aller Welt sind im Konkurrenzkampf um Technologien und Ressourcen – besonders die neue Automatisierungstechnologie um Roboter und Cyborgs ist das Ziel der Mächte! Allerdings teilt sich dadurch die Gesellschaft in Arm und Reich, was eine ungerechte Welt zur Folge hat.

Als dann Nene Nanakorobi, ein typisch kybernetisch verbessertes Mädchen, zu ihrer Tante auf die Inselmetropole Cenancle zieht, trifft sie auf die Erfinderin Uzal Delilah, die für die Superreichen arbeitet, und ihrer mürrischen Gefährtin Clarion, die wie Nene auch ein Cyborg ist.

Kurz darauf kommt es zu einem Terrorangriff auf der Insel, der die neu geschlossene Freundschaft bedroht. Uzal sieht nur einen Ausweg: Nene und Clarion müssen sich verbünden und ihre Kräfte vereinen, um die Insel zu retten. Dazu muss Nene Kräfte nutzen, die ihr bisher nur verborgen blieben!
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