Am 13. September 2000 schlägt ein Meteorit in der Antarktis ein. Die Polkappen schmelzen und es folgen Fluten, Elend, Unruhen und Bürgerkriege, denen die Hälfte der Weltbevölkerung zum Opfer fällt.

15 Jahre später wird der 14-jährige Shinji Ikari von seinem Vater Gendou, nach über drei Jahren Abwesenheit, zu sich gerufen. Glücklich darüber, Anerkennung zu finden und in Selbstzweifel, ob er die an ihn gestellten Erwartungen erfüllen könne, stellt er bei seiner Ankunft fest, dass Neo Tokyo-3 bedroht wird. Den Mut verliert er, als er erfährt, dass ausgerechnet er in einen von seinem Vater bereitgestellten Mecha, genannt Evangelion, steigen und gegen die feindlich gesinnten „Engel“, welche die Stadt attackieren, kämpfen soll. Schließlich entscheidet sich Shinji dazu, den Evangelion zu steuern und den Kampf gegen die „Engel“ aufzunehmen.

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