Wir schreiben das Jahr 220x. Die Technologie hat sich seit dem Internet schnell weiterentwickelt. Dies ermöglichte die Erfindung neuer und effizienterer Verkehrsmittel, sowie den Bau von futuristischen Städten, die alle durch drei Satelliten, Pegasus, Leo und Dragon, welche die Erde umkreisen, miteinander verbunden sind. Diese sind mit einem Netz von EM-Wellen aufgebaut, welche sich in der Atmosphäre rund um die Erde befinden. Der Mensch besitzt tragbare Geräte, genannt Transers, welche als Schnittstelle zur EM Wave Welt dienen.

Hier lebt Subaru Hoshikawa, ein Schüler der fünften Klasse, welcher seinen Vater bei einem Unfall verlor. Subaru trifft auf ein außerirdisches Radiowellenwesen namens War-Rock, welcher von einem entfernten FM Planeten kommt. War-Rock scheint etwas über Subarus Vater zu wissen, jedoch wird er von anderen außerirdischen Wesen verfolgt. Die Zwei arbeiten zusammen und verschmelzen zu Megaman, einem Radiowellen-Menschen, fähig die EM Wave Welt zu betreten und gegen die Viren zu kämpfen, welche die Erde bedrohen.
Quelle: