Dr. Light und Dr. Wily sind zwei geniale Wissenschaftler und arbeiten gemeinsam an neuer Robotertechnik. Eines Tages entwickeln sie einen sehr fortschrittlichen Prototyp. Doch kurz nach dessen Aktivierung beginnt dieser willkürlich das Labor zu zerstören. Dr. Light nimmt an, dass das Führungssystem des Prototyps, das Dr. Wily persönlich programmiert hat, Ursache des Problems ist und schlägt vor nochmal ganz von Vorne anzufangen. Dr. Wily sieht dies aber als Beleidiung seiner Genialität an und versucht in der darauffolgenden Nacht die Baupläne zu stehlen, wird aber von Dr. Light erwischt. Dennoch schafft es Dr. Wily ihn zu überwältigen und zusammen mit dem Prototyp zu entkommen. In seinem neuen Unterschlupf modifiziert er diesen dann zu Proto Man.

Später baut Dr. Light fünf weiter fortschrittliche Roboter mit eigener Persönlichkeit: Rock, Roll, Ice Man, Guts Man und Cut Man. Wieder gelingt es Dr. Wily, diesmal mit der Unterstützung von Proto Man, die Roboter zu stehlen und programmiert sie in seinem Labor zu seinen Untergebenen um. Doch bevor er Rock und Roll umprogrammieren kann entschließt sich Rock Dr. Wily auszutricksen. Er erzählt Dr. Wily, dass Dr. Light auch „super Kampfroboter“ gebaut hätte und dass, wenn er ihn und Roll laufen lässt, ihm sagen könnte, wie man diese besiegt. Da Dr. Wily überzeugt ist, dass Roboter nicht lügen können, kann Rock mit dieser Lüge für eine Ablenkung sorgen und zusammen mit Roll zurück zu Dr. Light fliehen. Dieser beschießt Rock für den Kampf aufzurüsten und so wird aus Rock der Kampfroboter Mega Man. Dessen Aufgabe es von nun an sein wird die Welt vor Dr. Wilys finsteren Machenschaften zu beschützen.