Magical Girl Spec Ops Asuka, die Anime-Adaption des gleichnamigen Mangas von Makoto Fukami und Seigo Tokiya, folgt dem »Mahou Shoujo« Asuka, das sich nach seinem Kampf gegen die Disas endlich zur Ruhe gesetzt hat und nun ein ganz normales Leben führen will, so wie jedes Mädchen seines Alters. Die Disas – eine Schrecken erregende Lebensform aus dem Land der Toten – brachte die Menschheit vor drei Jahren bis an den Rand einer Katastrophe und nichts vermochte sie zu stoppen. Nur durch den Einsatz einer Gruppe von Mädchen, denen von einer geheimnisvollen Quelle unglaubliche Mächte verliehen wurden, konnten die Disas bezwungen und zurückgeschlagen werden. Diese Mädchen bildeten die »Mahou-Shoujo-Spezialeinheit«, der auch Asuka angehörte.

Alle fünf haben sich nun in ihre neuen, normalen Leben eingewöhnt und während die eine oder andere als Ausbilderin oder Forscherin beim Militär blieb, versucht Asuka sich das Leben aufzubauen, das sie sich immer wünschte: Schule, Freunde und vielleicht sogar Liebe. Doch nichts im Leben kommt so, wie man es sich wünscht und sie wird schnell aus ihrem langweiligen Alltag gerissen: Die Disas sind wieder da und wieder einmal ist es an der »Mahou-Shoujo-Spezialeinheit«, diesen Kreaturen Einhalt zu gebieten! Aber ist Asuka wirklich bereit, ihren Traum von einem normalen Leben aufzugeben und wieder dem Militär beizutreten?