Die Geschichte in Kannagi: Crazy Shrine Maidens dreht sich um unseren jungen, vom Pech verfolgten Protagonisten Jin, der eines Tages den Stamm eines heiligen Baumes aus dem Schrein nimmt, um eine Statue für sein Schulprojekt zu schnitzen. Zu seiner Überraschung verwandelt sich das Stück Holz in ein Mädchen, das, wie sich herausstellt, die Göttin dieses Baumes ist. Sie ist nicht sehr begeistert über die Abholzung und zieht kurzerhand bei Jin ein. Dort lässt sie ihren Launen freien Lauf …
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