Die aus fähigen Söldnern bestehende, antiterroristische Geheimorganisation Mithril hat den Hinweis bekommen, dass es Mächte gibt, die hinter bestimmten Personen mit einzigartigen Fähigkeiten her sind: den sogenannten Whispered. Diese haben ein so umfangreiches Verständnis von Mathematik, Wissenschaft und Technik, dass mit ihrem Wissen, das natürlich niemals in falsche Hände geraten darf, sogenannte »Schwarze Technologie« hergestellt werden kann – Technologie, die der gegenwärtigen weit voraus ist.

Sousuke Sagara, ein längjähriges Mitglied jener Organisation, hat den Auftrag bekommen, nach Japan zu reisen, um dort als Schüler getarnt eine mutmaßliche Whispered zu beschützen: die aufbrausende Kaname Chidori. Doch da diese selbst nicht um ihre Begabung oder den wahren Aufenthaltsgrund Sousuke Bescheid weiß, werden seine unbeholfenen Annäherungsversuche schnell missverstanden, was dem ohnehin schon wirklichkeitsfremden Soldaten zusätzliche Schwierigkeiten bereitet, sich an sein neues Leben zu gewöhnen und seine Mission auszuführen.
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Staffel 2:
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